全球海草床生态系统不断衰退,海草生境的保护和修复成为当前的研究热点。广西壮族自治区合浦儒艮国家级自然保护区是中国重要的海草保护区,该保护区及其周边区域的海草床退化严重,因此,分析该保护区对海草生境的保护成及其存在的问题,对海草保护具有重要意义。利用广西壮族自治区合浦儒艮国家级自然保护区生态环境资料和常年监测数据,以该保护区海草和互花米草(Spartina alterniflora)面积的变化率为评价指标,评价了该保护区及其邻近海域的海草生境保护成效;采用有机污染综合指数评价法和富营养指数法,分析了该保护区所在海域的水环境质量。研究结果表明,1987～2017年期间,该保护区及其周边海草分布面积总体在减少;2005～2016年期间,该保护区内互花米草分布面积不断扩大;1991～2016年期间,该保护区海域水体有机污染程度为3级和4级,水体营养水平从中营养降低为贫营养水平;该保护区当前面临的主要问题是人类活动的严重干扰,其基础建设和管理水平有待提高。建议该保护区加强管理能力建设,结合宣传教育和社区共管,提升公众保护意识,促进海洋资源可持续利用,并积极探索海草恢复的有效方法。