以松花江流域湿地为研究对象，采用系统保护规划理论与方法，将流域内多因子生态地理综合分类单元和12种水鸟分别作为湿地生态系统和物种层次的保护对象，依托系统保护规划Marxan 1.8.2软件，开展了松花江流域湿地优先保护格局的构建和保护空缺识别研究。研究结果表明，经过系统保护规划优化后，松花江流域受保护湿地面积占该流域湿地总面积的比例将由目前的10.0%增大为23.6%，受保护河流湿地和沼泽湿地面积占其总面积的比例明显增大；确定了松花江流域的主要湿地保护空缺区域，在大兴安岭松花江源区，湿地保护空缺区域主要分布在内蒙古自治区鄂伦春自治旗和黑龙江省的呼玛县，在松嫩平原地区，湿地保护空缺区域分布在黑龙江省大庆市和哈尔滨市附近，在三江平原地区，湿地保护现状较好，未来需要加强对现有自然保护区的管理。