自20世纪60年代以来,由于生境变化和人类活动干扰,太湖水生植物种类逐渐减少,已有伊乐藻(Elodeanuttallii)、水盾草(Cabomba caroliniana)和篦齿眼子菜(Potamogeton pectinatus)3种外来迁入物种出现;1960～2014年期间,太湖水生植物总生物量呈现单峰型变化,挺水植物生物量占水生植物总生物量的比例也同样呈现单峰型变化,而其它水生植物生物量占水生植物总生物量的比例则在持续增大;太湖水生植物群落的优势种也发生了变化,沉水植物群落的优势种由马来眼子菜(Potamogeton malaianus)和苦草(Vallisneria natans)变为仅为马来眼子菜。目前,对于太湖水生植物的研究,主要集中在水生植物的分布调查、光合特征、对富营养化水体的净化和重建水生植物群落、水生植物管理等方面,在太湖北部"藻型湖区"和太湖东北"草—藻过渡湖区"重建稳定且多样的水生植物群落,已经成为太湖水生植物研究的热点和难点。