研究目的：基于系统论的“要素—结构—功能”逻辑，揭示农户视角下土地综合整治对耕地利用生态效率的影响机制，探索新时代耕地利用绿色转型的新路径。研究方法：SBM-Undesirable模型、双重差分模型。研究结果：（1）土地综合整治对耕地利用生态效率具有显著提升作用。（2）土地综合整治对耕地利用生态效率的影响效应存在农户类型和地貌类型差异，适度规模农户显著优于小规模农户，平原地区显著优于丘陵地区。研究结论：土地综合整治应在国家粮食安全与生态文明战略指导下，遵循要素整合、结构优化、功能提升的治理逻辑，充分发挥适度规模经营农户对小规模农户的引领作用，因地制宜走好差异化、特色化、生态化农业发展道路，全方位夯实粮食安全和生态安全“耕”基。